ChAMP学习笔记(一)–安装与基本测试

Python& AI 2018-10-30 1,137 次浏览 2 条评论

R的安装部分略过,笔者环境为Arch Linux(Kernel 4.14)、R3.51、Rstudio1.1.463

本笔记部分内容参考自ChAMP官方文档https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChAMP/inst/doc/ChAMP.html

ChAMP简介:

ChAMP提供了一个分析Illumina Methylation beadarray data (EPIC and 450k) 芯片甲基化数据的全流程工具集,R的包中关于甲基化数据分析的有很多,但是ChAMP的集成度是最高的几个之一,在国人joshua_hit接手开发和维护后,使用ShinyPlotly进行了升级重构,加入了强大的图形界面,易用度有了很大的提高。

一.安装

使用bioconductor的biocLite()进行安装:

官方给出的安装命令如下:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ChAMP")

ChAMP集成了从上游芯片原始数据提取到下游数据分析的很多功能,引用了大量原有的甲基化数据分析包,因此安装时会安装大量的依赖包。默认的镜像服务器在国外,使用国内网络很容易安装失败(断流、无法连接)。笔者曾经被校园网折磨了一天也没有成功安装成功。

以下是找的一些解决办法:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("Rcpp")
biocLite("RSQLite")

其中options(BioC_mirror=http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")将bioconductor的镜像源替换为国内中科大的源,避免连接问题。此外,还需要将使用的R环境的镜像源也替换为国内源。"Rcpp"和"RSQLite"是ChAMP安装过程中两个很重要的依赖包,在之前失败的安装过程中经常出现这两个包的报错,所以先提前安装以防万一。
然后

biocLite(c("minfi","ChAMPdata","Illumina450ProbeVariants.db","sva","IlluminaHumanMethylation450kmanifest","limma","RPMM","DNAcopy","preprocessCore","impute","marray","wateRmelon","goseq","plyr","GenomicRanges","RefFreeEWAS","qvalue","isva","doParallel","bumphunter","quadprog","shiny","shinythemes","plotly","RColorBrewer","DMRcate","dendextend","IlluminaHumanMethylationEPICmanifest","FEM","matrixStats","missMethyl","combinat"))

这是官方文档上针对安装失败的解决办法(If you have any problems with Bioconductor, another option is to install ALL dependent packages, then install ChAMP),避免出现问题,先把依赖包安装了。(这一步耗时较长)

最后

biocLite("ChAMP")

等待安装完成

梓沨

站长 INTP,生物搬砖工

2 条评论

  1. Avatar Shelly

    您好,我最近也是安装不上,在自己的电脑上安装没有问题,在服务器上安装的时候出现installation path not writeable, unable to update packages: foreign, lattice, MASS, Matrix, mgcv, survival,尝试了很多方法也没反应

    • 梓沨 梓沨

      它提示的是没有写权限,而且这几个包都是安装R的时候自带的包,而不是在用户自己的扩展包库里面,文件在程序根目录里,所以没有写入权限。一般来说这几个自带包不是最新版不会影响ChAMP的正常运行,但我刚刚找到了一个曲线救国的方法,直接把根目录里的这几个包删掉,然后重新安装在自己有写入权限的自定义库里。

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